政府一直以來定期為全港公共碼頭進行檢查及維修，以保持其結構安全， 然而，由於有部份的碼頭已使用多年，碼頭的狀況未能滿足現時的需要。

土木工程拓展署於2017年至2019年期間，進行「榕樹灣、石仔灣、二澳及馬灣涌碼頭改善工程研究- 勘查研究」。該研究包括為榕樹灣公眾碼頭、石仔灣碼頭、二澳碼頭及馬灣涌碼頭進行技術研究、評估潛在的環境影響，並諮詢相關持份者的意見，為各碼頭制定初步設計方案，以提升碼頭的結構安全及改善現有設施，方便市民往來偏遠郊外的郊遊景點和自然遺產，以及照顧倚靠船隻出入的村民及漁民作業的基本需要。

土木工程拓展署已於2020 年 5 月，開展「榕樹灣公眾碼頭、石仔灣碼頭、二澳碼頭及馬灣涌碼頭改善工程 - 設計及建造」的顧問合約，就有關工程進行詳細設計及勘探工程，並會根據《 前濱及海床（填海工程）條例 》（第 127 章）在憲報刊登改善工程計劃，以展開改善工程。

有關建造工程合約已分別於2022年8月及12月開展。